Mikrobiom jamy ustnej/gardła/ucha/nosa/skóry NGS III gen.
to ultranowoczesny „posiew” – badanie, które umożliwia zsekwencjonowanie całego genomu z próbki dzięki wykorzystaniu technologii NGS III generacji.
✅ BAKTERIE ✅ GRZYBY ✅ PIERWOTNIAKI
Co to znaczy w praktyce? W badaniu z próbki najpierw izolowany jest cały materiał genetyczny, który następnie jest sekwencjonowany i porównywany z renomowanymi bazami danych. W wyniku analizy otrzymujemy dokładną listę wszystkich mikroorganizmów (bakterii, grzybów, pasożytów), które znajdowały się w próbce. Jest to badanie nie tylko jakościowe, ale również ilościowe, które pozwala na identyfikację co do gatunku 120 tysięcy mikroorganizmów, czego nie jesteśmy w stanie osiągnąć metodami posiewu, PCR czy nawet sekwencjonowania metodami II generacji (np. Ilumina).
Badanie pozwala na diagnostykę infekcji niewykrywalnych/trudno wykrywalnych innymi metodami, gdyż cechuje się najwyższą czułością i swoistością oraz nie ma ograniczeń związanych z hodowlą tzn. jest w stanie wykryć i zidentyfikować co do gatunku również bakterie czy grzyby, które nie są możliwe do wyhodowania w warunkach laboratoryjnych np. bakterie skrajnie beztlenowe.
Sekwencjonowanie genomu metodą nanoporową (III gen.) to ultranowoczesny „posiew”, dzięki któremu jesteśmy w stanie określić skład ilościowy i jakościowy mikrobiomu danego środowiska np. jamy ustnej, gardła, ucha, nosa czy skóry. W badaniu wykrywamy również bakterie, które są niemożliwe do wyhodowania lub trudne do wyhodowania w tradycyjnym posiewie, grzyby oraz pasożyty. Ogromną przewagą sekwencjonowania genomu III generacji jest jego czułość – dzięki analizie DNA zgromadzonego w próbce jesteśmy w stanie wykryć obecność nawet pojedynczych bakterii, grzybów czy pasożytów.
Materiał do badania: do wyboru: wymaz z jamy ustnej, gardła, nosa, ucha, skóry. Materiałem do badania może być również plwocina.
Metoda: autorska technologia oparta o sekwencjonowanie DNA III generacji z wykorzystaniem platformy Oxford Nanopore Technologies.
Zakres badania:
✅ Ocena różnorodności biologicznej tzw. wskaźnik Shanona,
✅ Wykaz patogenów i organizmów warunkowo patogennych (z określeniem ich ilości w próbce w porównaniu do populacji)
✅ Ilościowa analiza mikrobiomu na poziomie rodzaju/gatunku wraz z opisem najczęściej występujących w próbce mikroorganizmów
✅ Analiza mikrobiomu z podziałem na komensale, patogeny, patogeny oportunistyczne i mikroorganizmy pożyteczne
✅ Lista wykrytych w badaniu gatunków mikroorganizmów – otrzymujecie Państwo kompleksową listę wszystkich gatunków drobnoustrojów wykrytych w analizie uporządkowanych w kolejności od mikroorganizmu o największym udziale w mikrobiomie do najmniej.
✅ Badanie umożliwia rozpoznanie co do gatunku 120 tys. mikroorganizmów (bakterii, grzybów, pierwotniaków)
W czym może pomóc badanie mikrobiomu metodą NGS III generacji?
Badanie pozwala przede wszystkim na wykrycie i identyfikacje patogenów, których nie udaje się wykryć innymi metodami.
Czym sekwencjonowanie NGS różni się od posiewu?
Przyjmuje się, że w warunkach laboratoryjnych nie jesteśmy w stanie wyhodować nawet 60-70% bakterii ze względu na ich wymagania życiowe (np. skrajną beztlenowość lub inne wymagania gazowe, wymagania co do pożywki itp). Takie mikroorganizmy giną już często na etapie pobrania próbek. Sekwencjonowanie DNA to metoda, w której nie hodujemy mikroorganizmów, więc w badaniu możemy wykryć również mikrorganizmy, które zginęły na etapie poboru próbki lub po prostu nie dają się hodować.
Czym sekwencjonowanie NGS różni się od badań PCR dostępnych w laboratoriach?
Zasada obu badań jest taka sama – wykrywanie mikroorganizmu po jego DNA. Natomiast w PCR zawsze z góry mamy założone jakie mikroorganizmy wykrywamy i nie jesteśmy w stanie wykryć nic innego. Jeśli na etapie wyboru badania nie trafimy z ewentualnym patogenem to PCR nie odpowie nam na pytanie, co powoduje objawy. Sekwencjonując DNA w danej wykrywamy każdy mikroorganizm w niej obecnej.
W cenie badania otrzymasz:
- zestaw pobraniowy, który umożliwi Ci samodzielne pobranie i bezpłatne odesłanie do nas próbki.
- wynik wraz ze szczegółowym opisem mikrobiomu wg zakresu podanego powyżej.
- Pobraną próbkę odsyłasz do nas bezpłatnie: kurierem DHL lub paczkomatem InPost.
W naszej ofercie dostępne są również badania metodą NGS III generacji:
- mikrobiomu dróg moczowych – UroBIOM NANO
- pochwy – VaginalBIOM NANO
- nasienia – SemenBIOM NANO
- mikrobioty jelitowej – GastroBIOM NANO
Więcej informacji o badaniu – w zakładkach pod zdjęciem
